ロングリードRNA-seq（Iso-Seq） 受託サービス比較
転写物を端から端まで1本で読むサービスです。
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ロングリードRNA-seq（全長アイソフォーム解析・Iso-Seq・direct RNA）
ショートリードのRNA-seqは転写物を断片にして読むため、同じ遺伝子から出ているどのアイソフォームの断片なのかが分からなくなりますが、ロングリードなら5'末端からポリAまでつながった全長のアイソフォームがそのまま取れます。いちばん大きな分かれ目は読み方です。PacBioのIso-SeqはcDNAにしてから1本ずつ正確に読む定番で、Kinnexは1本のリードに複数の転写物をつないで読む高スループット版です。ナノポアのdirect RNAは逆転写もPCRもせずRNAをそのまま読むので、PCRの偏りがなく塩基の修飾やポリAの長さも見えますが、必要なRNA量は多くなります。2つめがその必要量で、PacBioは700 ngから1.2 µg程度、ナノポアのdirect RNAは2.5から5.5 µgと桁がひとつ違うことがあり、手元の量で読み方が決まってしまいます。3つめはわかることで、新規アイソフォームの検出、選択的スプライシング、融合遺伝子、ゲノムのアノテーション、アイソフォーム別の発現定量のどこまで含むかが会社で違います。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
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（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。
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（もう一度押すと逆の順）。
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| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（2検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 読み方 | 調べられること | 使う装置・キット | 必要なRNA量 | 納期 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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京都大学 ASHBi SignAC
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1
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¥276,000 税区分：一部記載なし | ¥276,000/一式 |
1
逆転写もPCRもせずRNAをそのまま読む
2
学外からも依頼できる
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記載なし | 精製したRNAを送る | ナノポア direct RNA（RNAを直接読む） | 全長アイソフォームの決定 | Oxford Nanopore PromethION24（SQK-RNA004キット、FLO-PRO004RAフローセル） | ポリA＋RNAで750 ng、またはtotal RNAで2.5 µg（いずれも20 µL中） | 1〜3週（キットの在庫があれば1〜3週、無ければ3〜4週） | |
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京都大学 ASHBi SignAC
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2 | ¥1,050,800 税区分：一部記載なし | ¥525,400/検体 |
1
Revioで全長アイソフォームを読む
2
必要なRNAは700 ngから
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記載なし | 精製したRNAを送る | PacBio Iso-Seq | 全長アイソフォームの決定 | PacBio Revio（Iso-Seqライブラリーキット） | 700 ng以上、濃度60 ng/µL以上 | 2〜3週（キットの在庫があれば2〜3週、無ければ3〜4週） | |
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タカラバイオ
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
PacBioのロングリードで全長を決める
2
アイソフォームごとの発現量解析まで含む
3
必要なtotal RNAは1 µg以上
|
記載なし | 精製したRNAを送る | PacBio Iso-Seq | 全長アイソフォームの決定・新規アイソフォームの検出・アイソフォーム別の発現定量・ゲノムのアノテーション | PacBio ロングリードシーケンサー（パシフィックバイオサイエンス社） | total RNA 1 µg以上、濃度100 ng/µL以上 | 記載なし | |
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ノボジーン
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
PacBioとナノポアのどちらでも頼める
2
必要なRNA量は1.2 µgと5.5 µgで違う
3
融合遺伝子やアノテーションまで含む
|
記載なし | 精製したRNAを送る | PacBio Iso-Seq・ナノポア direct RNA（RNAを直接読む） | 全長アイソフォームの決定・新規アイソフォームの検出・選択的スプライシング・融合遺伝子・ゲノムのアノテーション・アイソフォーム別の発現定量 | PacBio（全長トランスクリプトームシーケンス）とナノポア（direct RNAシーケンス） | PacBioは1.2 µg以上、ナノポアは5.5 µg以上 | 記載なし | |
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GENEWIZ（アゼンタ）
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
アセンブリをせずに全長cDNAを決められる
2
リファレンス配列のない生物に向く
3
1検体あたり100万〜200万リードが目安
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記載なし | 精製したRNAを送る | PacBio Iso-Seq | 全長アイソフォームの決定・新規アイソフォームの検出・融合遺伝子・ゲノムのアノテーション | PacBioシリーズのロングリードシーケンサー | total RNA 1 µg超（手法の比較表の記載） | 記載なし | |
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ジーンベイ
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
direct RNAとcDNAのどちらにも対応
2
スプライシングバリアントや融合遺伝子まで
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記載なし | 精製したRNAを送る | ナノポア direct RNA（RNAを直接読む）・ナノポア cDNA | 全長アイソフォームの決定・選択的スプライシング・融合遺伝子・アイソフォーム別の発現定量 | Oxford Nanopore GridION X5／PromethION | 記載なし | 記載なし | |
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京都大学 ASHBi SignAC
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
1本のリードに複数の転写物をつなぐ
2
Revioの1セルで4,500万〜6,000万リード
3
Iso-Seqと比べて1桁多い
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記載なし | 精製したRNAを送る | PacBio Kinnex（高スループット） | 全長アイソフォームの決定 | PacBio Revio（Kinnex full-length RNAキット、MAS-Seqライゲーション法） | 8 µL以上、濃度60 ng/µL以上 | 2〜3週（キットの在庫があれば2〜3週、無ければ3〜4週） |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
