京都大学 ASHBi SignAC： ナノポア direct RNAシーケンス

転写物を端から端まで1本で読むサービスです。ショートリードのRNA-seqは転写物を断片にして読むため、同じ遺伝子から出ているどのアイソフォームの断片なのかが分からなくなりますが、ロングリードなら5'末端からポリAまでつながった全長のアイソフォームがそのまま取れます。いちばん大きな分かれ目は読み方です。PacBioのIso-SeqはcDNAにしてから1本ずつ正確に読む定番で、Kinnexは1本のリードに複数の転写物をつないで読む高スループット版です。ナノポアのdirect RNAは逆転写もPCRもせずRNAをそのまま読むので、PCRの偏りがなく塩基の修飾やポリAの長さも見えますが、必要なRNA量は多くなります。2つめがその必要量で、PacBioは700 ngから1.2 µg程度、ナノポアのdirect RNAは2.5から5.5 µgと桁がひとつ違うことがあり、手元の量で読み方が決まってしまいます。3つめはわかることで、新規アイソフォームの検出、選択的スプライシング、融合遺伝子、ゲノムのアノテーション、アイソフォーム別の発現定量のどこまで含むかが会社で違います。