DNAメチル化解析（WGBS・RRBS・ターゲット） 受託サービス比較
DNAのどこがメチル化されているかを次世代シーケンサーで調べるサービスです。
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DNAメチル化解析（WGBS・RRBS・ターゲット・パネル）
最初に決めるのはゲノムのどこまで見るかで、ここで費用が一桁変わります。WGBSはゲノム全体を見るのでCpGをほぼ取りこぼしませんが、1検体あたり90〜150 Gbほど必要です。RRBSは制限酵素でCpGの多い領域だけを濃縮してから読むので9 Gbほどで済みますが、見ているのはCpGアイランドまわりに偏ります。ターゲットはあらかじめ決めた領域だけをキャプチャするもので、ヒトやマウスの既製パネルがあります。2つめは変換のしかたです。バイサルファイト処理は古くからの標準ですが、DNAが傷みやすく投入量が要ります。酵素による変換は薬品で焼かないぶんDNAが壊れにくく、少ない量や質の落ちた試料で有利とされます。3つめはどこまで解析してくれるかで、メチル化率を出すところまでか、群間で差のあるCpGや領域を見つけて近くの遺伝子のGO解析まで見てくれるのかが分かれます。DMR解析は最低でも2検体ないとできません。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
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「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です
（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。
料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。
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（もう一度押すと逆の順）。
記載なしは、いつも最後に並びます。
登録企業は、受託解析Quick 上で見積に直接回答します（未登録の会社にも依頼できます）。
表は左右にスクロールして詳細を比較できます。
| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（2検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 解析の範囲 | 変換のしかた | 標準のデータ量 | 含まれる解析 | 納期 | 日本語での相談 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Rhelixa
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
標準は90 Gb／600 Mリード
2
生データなら6〜8週
3
解析まで入れて8〜10週
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記載なし | 精製したDNAを送る | WGBS（ゲノム全体） | バイサルファイト処理 | 90 Gb／600 Mリード（希望に応じて変更できる） | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR）・アノテーション（CpGアイランド・近傍遺伝子）・相関・主成分分析・クラスタリング・GO解析 | 6〜10週（生データのみなら6〜8週。ベーシック・スタンダードの解析まで入れると8〜10週） | 国内に窓口がある | |
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Rhelixa
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
MspIで切ってCpGリッチな領域を濃縮
2
9 Gb／60 Mリードで済む
3
エピジェネティッククロック解析も選べる
|
記載なし | 精製したDNAを送る | RRBS（CpGの多い領域を濃縮） | バイサルファイト処理 | 9 Gb／60 Mリード | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR）・アノテーション（CpGアイランド・近傍遺伝子）・相関・主成分分析・クラスタリング・GO解析・エピジェネティッククロック | 8〜10週（解析プランの場合。サンプル到着から） | 国内に窓口がある | |
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マクロジェン・ジャパン
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
EZ DNA Methylationキットで変換
2
Accel-NGS Methyl-Seqでライブラリー作製
3
プラン例は1検体150 Gbで平均1〜1.5か月
|
記載なし | 精製したDNAを送る | WGBS（ゲノム全体） | バイサルファイト処理 | プラン例は1検体あたり150 Gb | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR） | 1〜1.5か月（サンプル到着から生データ納品まで平均1〜1.5か月） | 国内に窓口がある | |
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マクロジェン・ジャパン
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
ヒトとマウスの既製パネルで領域を濃縮
2
全ゲノムよりデータ量を抑えられる
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記載なし | 精製したDNAを送る | ターゲット（決めた領域だけ） | バイサルファイト処理 | 記載なし | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR） | 1〜1.5か月（サンプル到着から生データ納品まで平均1〜1.5か月） | 国内に窓口がある | |
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GENEWIZ（アゼンタ）
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
バイサルファイトではなく酵素で変換する
2
全ゲノムと領域濃縮の両方に対応
3
最短2週間
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記載なし | 細胞・組織を送る（DNA抽出から） | WGBS（ゲノム全体）・ターゲット（決めた領域だけ） | 酵素による変換 | 記載なし | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR） | 2週（最短2週間） | 国内に窓口がある | |
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Rhelixa
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
手元のFASTQから解析だけ頼める
2
過去に取ったデータでも受けてもらえる
3
データを受け取ってから3〜5週
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記載なし | FASTQを送る（解析だけ頼む） | WGBS（ゲノム全体）・RRBS（CpGの多い領域を濃縮） | 記載なし | 記載なし | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR）・アノテーション（CpGアイランド・近傍遺伝子）・相関・主成分分析・クラスタリング・GO解析 | 3〜5週（データを受け取った日から起算した参考納期。WGBSもRRBSも3〜5週） | 国内に窓口がある | |
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GENEWIZ（アゼンタ）
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
バイサルファイト処理済みでも未処理でも受ける
2
ヒトなど大きなゲノムは30×を推奨
3
納期の違う3プランがある
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記載なし | 精製したDNAを送る | WGBS（ゲノム全体） | バイサルファイト処理 | ヒトなど大きな真核生物のゲノムは30×、100 Mb未満のゲノムは100×を推奨 | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR） | 記載なし | 国内に窓口がある | |
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フナコシ
※Zymo Research 実施
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
全検体にスパイクイン対照を入れる
2
変換効率を確かめられる
3
少ないDNAにも対応
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記載なし | 精製したDNAを送る | WGBS（ゲノム全体）・RRBS（CpGの多い領域を濃縮） | バイサルファイト処理 | 記載なし | メチル化率の算出・差のあるCpG・領域（DMC・DMR）・アノテーション（CpGアイランド・近傍遺伝子）・相関・主成分分析・クラスタリング | 記載なし | 記載なし | |
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フナコシ
※Zymo Research 実施
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
バイサルファイトではなく酵素で変換する
2
6-baseは5mCと5hmCを見分けられる
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記載なし | 精製したDNAを送る | WGBS（ゲノム全体） | 酵素による変換 | 記載なし | メチル化率の算出 | 記載なし | 記載なし | |
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フナコシ
※Zymo Research 実施
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
プライマー設計と検証から引き受ける
2
増幅からメチル化解析までまとめて行う
3
アレイで見つけた候補の検証向け
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記載なし | 精製したDNAを送る | ターゲット（決めた領域だけ） | バイサルファイト処理 | 記載なし | メチル化率の算出 | 記載なし | 記載なし | |
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DNAチップ研究所
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
組織・細胞のDNAなら2 ngから
2
FFPEやccfDNAでも20 ngから
3
分子バーコードでメチル化率を正確に出す
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記載なし | 精製したDNAを送る | ターゲット（決めた領域だけ） | バイサルファイト処理 | 記載なし | メチル化率の算出 | 1.5〜2か月（QC通過後約1.5か月、データ解析まで含めて約2か月。別途パネル試薬の発注に3週間ほど） | 国内に窓口がある | |
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DNAチップ研究所
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
自分で決めた領域を指定のプライマーで読む
2
プライマーの合成も頼める
3
BAMファイルまで納品される
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記載なし | 精製したDNAを送る | ターゲット（決めた領域だけ） | バイサルファイト処理 | 記載なし | メチル化率の算出・アノテーション（CpGアイランド・近傍遺伝子） | 1.5〜2か月（QC通過後約1.5か月、データ解析まで含めて約2か月） | 国内に窓口がある |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
