ATAC-seq（オープンクロマチン解析） 受託サービス比較
Tn5トランスポゼースが開いているところにだけ入り込む性質を使って、ゲノムのどこが開いているかをまとめて読むサービスです。
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ATAC-seq（バルクのクロマチンアクセシビリティ解析）
抗体を使わないのでChIP系より手軽ですが、うまくいくかどうかはほぼきれいな核が取れるかで決まります。そこで最初に見るのは、何を送れるかと核抽出を引き受けてくれるかです。凍結細胞や凍結組織から核抽出まで任せられるか、死細胞が多い試料で生きた細胞を選り分けてくれるか。ここを自分でやるとなると、慣れていない研究室にはいちばんの難所になります。2つめは必要な細胞数で、5万個でよいのか10万個を3本なのかで、手持ちの試料で足りるかが変わります。3つめはどこまで解析してくれるかです。ピークを出すのは当たり前で、そのあと群間で差のあるピーク、転写因子の結合モチーフ、フットプリンティング、RNA-seqとの統合のどこまで見てくれるかで差が出ます。4つめは実験を自分でやってデータ解析だけ頼めるかで、手元にFASTQがあるならそこだけ外に出すのがいちばん安く済みます。
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| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（2検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 受け付ける試料 | 核抽出 | 必要な細胞数 | 含まれる解析 | 納期 | 実験するラボ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Rhelixa
|
— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
凍結組織や凍結細胞から核抽出を引き受ける
2
フットプリンティングまでプランで選べる
3
RNA-seqとの統合も選べる
|
記載なし | 細胞・組織を送る（核抽出から） | 凍結した細胞・凍結した組織 | 受託側で行う | 記載なし | ピークコール・群間で差のあるピーク・結合モチーフ解析・フットプリンティング・近傍遺伝子・アノテーション・クラスタリング・主成分分析・GO解析・RNA-seqとの統合 | 記載なし | 国内 | |
|
Rhelixa
|
— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
手元のFASTQから解析だけ頼める
2
過去に取ったデータでも受けてもらえる
3
データを受け取ってから2〜4週
|
記載なし | FASTQを送る（解析だけ頼む） | FASTQ（解析のみ） | 記載なし | 記載なし | ピークコール・群間で差のあるピーク・結合モチーフ解析・フットプリンティング・近傍遺伝子・アノテーション・クラスタリング・主成分分析・GO解析 | 2〜4週（データを受け取った日から起算した参考納期） | 国内 | |
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GENEWIZ（アゼンタ）
|
— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
凍結したまま送れる
2
死細胞は磁気ビーズで選り分けてもらえる
3
生細胞や単離済みの核を用意せずに済む
|
記載なし | 細胞・組織を送る（核抽出から） | 凍結した細胞・凍結した組織・調製済みのライブラリー | 受託側で行う | サービスページでは5万細胞から。FAQでは10万細胞を500 µLずつ3本が最低条件とされている | ピークコール・群間で差のあるピーク・RNA-seqとの統合 | 記載なし | 海外 | |
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フナコシ
※Zymo Research 実施
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
哺乳類細胞のクロマチンアクセシビリティを調べる
2
公開されている情報が少なく問い合わせになる
|
記載なし | 細胞・組織を送る（核抽出から） | 記載なし | 記載なし | 記載なし | ピークコール | 記載なし | 海外 |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
