フナコシ： ATAC-Seq（エピゲノムシーケンスサービスの1つ）

Tn5トランスポゼースが開いているところにだけ入り込む性質を使って、ゲノムのどこが開いているかをまとめて読むサービスです。抗体を使わないのでChIP系より手軽ですが、うまくいくかどうかはほぼきれいな核が取れるかで決まります。そこで最初に見るのは、何を送れるかと核抽出を引き受けてくれるかです。凍結細胞や凍結組織から核抽出まで任せられるか、死細胞が多い試料で生きた細胞を選り分けてくれるか。ここを自分でやるとなると、慣れていない研究室にはいちばんの難所になります。2つめは必要な細胞数で、5万個でよいのか10万個を3本なのかで、手持ちの試料で足りるかが変わります。3つめはどこまで解析してくれるかです。ピークを出すのは当たり前で、そのあと群間で差のあるピーク、転写因子の結合モチーフ、フットプリンティング、RNA-seqとの統合のどこまで見てくれるかで差が出ます。4つめは実験を自分でやってデータ解析だけ頼めるかで、手元にFASTQがあるならそこだけ外に出すのがいちばん安く済みます。