コピー数解析(CNV) 受託サービス比較
遺伝子やゲノム領域のコピー数が増えているか減っているかを調べるサービスです。
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コピー数解析(CNV・LOH/アレイ・デジタルPCR・NGS)
まず解析のしかたで見えるものが変わります。デジタルPCRは指定した1〜数か所をコピー数そのものとして数えるので、いちばん正確ですが、知らない場所の変化は見つけられません。SNPアレイやMIPアレイ、全ゲノムシーケンスはゲノム全体を見るので未知のコピー数異常を探せますが、数字は相対的な推定になります。アレイやNGSで見つけた候補をデジタルPCRで確かめる、という順番で使うことが多いです。2つめは見える範囲で、指定した1か所を確かめたいのか、選んだ遺伝子群なのか、ゲノム全体なのかで相手が変わります。3つめは数え方で、絶対定量か相対推定かによって結果の読み方が変わります。4つめは送るもので、FFPEを受けてくれるか、組織や血液からDNA抽出まで頼めるかが分かれ目です。FFPEは断片化しているため、専用に設計されたアレイを使う会社に限られます。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
税区分は各社の表記によります。
「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です
(起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います)。
料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。
表の見出しの文字を押すと、その列で並べ替えられます
(もう一度押すと逆の順)。
記載なしは、いつも最後に並びます。
登録企業は、受託解析Quick 上で見積に直接回答します(未登録の会社にも依頼できます)。
表は左右にスクロールして詳細を比較できます。
| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計(20検体) | 基本料金(単価) | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 解析のしかた | 見える範囲 | 調べられること | 数え方 | 受け付ける試料 | 納期 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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フィルジェン
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¥1,980,000 税抜 | 20〜24検体:¥99,000/検体 |
1
マーカー数を約75万に絞った廉価版
2
CytoScan HDと同じ流れ
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10検体から | 組織・細胞・血液を送る | SNPアレイ | ゲノム全体 | コピー数の増減 | 相対推定(比べて推定する) | 精製したDNA・組織・細胞・血液 | 記載なし | |
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フィルジェン
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2 | ¥2,840,000 税抜 | 20〜24検体:¥142,000/検体 |
1
約270万マーカーでゲノム全体を見る
2
ヒトのCNV解析用に作られたアレイ
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10検体から | 組織・細胞・血液を送る | SNPアレイ | ゲノム全体 | コピー数の増減 | 相対推定(比べて推定する) | 精製したDNA・組織・細胞・血液 | 記載なし | |
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ユーロフィンジェネティックラボ
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
全血から未染スライドまで受け付ける
2
DNA抽出もオプションで頼める
3
制限酵素処理でタンデムコピーか判定できる
|
記載なし | 組織・細胞・血液を送る | デジタルPCR(ddPCR) | 指定した1〜数か所 | コピー数の増減・タンデムコピーかどうか | 絶対定量(コピー数そのものを数える) | 精製したDNA・血液・血清・血漿など・組織・細胞・FFPE・未染スライド | 記載なし | |
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DNAチップ研究所
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
Bio-RadのQX200で絶対定量
2
Droplet Readerの生データも納品される
3
検体のQC結果も付く
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記載なし | 精製したDNAを送る | デジタルPCR(ddPCR) | 指定した1〜数か所 | コピー数の増減 | 絶対定量(コピー数そのものを数える) | 精製したDNA | 2か月(検体のQCを通ってから2か月程度。試薬の納期で変わることがある) | |
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フィルジェン
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
FFPEの劣化したDNAでも見られる
2
解像度は約50〜100 kb
3
Plusは9遺伝子74変異の体細胞変異も見る
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10検体から | 組織・細胞・血液を送る | MIPアレイ(FFPE向け) | ゲノム全体 | コピー数の増減・LOH(ヘテロ接合性の消失)・体細胞変異も同時に | 相対推定(比べて推定する) | FFPE | 記載なし | |
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フィルジェン
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
リアルタイムPCRで指定領域のコピー数を見る
2
組織・細胞・血液・体液から受け付ける
3
必要なDNA量の計算式が公開されている
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記載なし | 組織・細胞・血液を送る | リアルタイムPCR | 指定した1〜数か所 | コピー数の増減 | 相対推定(比べて推定する) | 精製したDNA・組織・細胞・血液・血清・血漿など | 3週(TaqMan Probeの入荷とサンプル到着のあと3週間程度。検体数やオプション作業で変わることがある) | |
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Rhelixa
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
WGSの標準プランのオプション解析
2
腫瘍の検体ではLOHも併せて解析
3
一覧表とゲノム上の変化の図が納品される
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記載なし | 精製したDNAを送る | 全ゲノムシーケンス(WGS) | ゲノム全体 | コピー数の増減・LOH(ヘテロ接合性の消失) | 相対推定(比べて推定する) | 記載なし | 6〜9週(複数の解析を組み合わせた場合の参考納期として6〜9週と書かれている) | |
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Rhelixa
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
すでに持っているデータから頼める
2
検体間の差の評価まで含む
3
持ち込めるデータの種類は書かれていない
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記載なし | 手持ちのデータを送る(解析だけ) | 記載なし | 記載なし | コピー数の増減 | 記載なし | 記載なし | 記載なし | |
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GENEWIZ(アゼンタ)
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
点変異・挿入欠損と一緒にコピー数も調べる
2
FFPE薄片や綿棒からでも受け付ける
3
選んだ遺伝子だけを深く読む
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記載なし | 組織・細胞・血液を送る | ターゲットNGS | 選んだ遺伝子・領域 | コピー数の増減・体細胞変異も同時に | 相対推定(比べて推定する) | 精製したDNA・細胞・組織・血液・FFPE・綿棒 | 記載なし | |
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マクロジェン・ジャパン
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
WGSの解析メニューのひとつ
2
条件はページに書かれていない
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記載なし | 精製したDNAを送る | 全ゲノムシーケンス(WGS) | ゲノム全体 | コピー数の増減 | 記載なし | 記載なし | 記載なし | |
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京都大学iPS細胞研究財団
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— | 要見積(基本料金が非公開) | 要見積 |
1
Infinium OmniExpress-24を使う
2
PennCNVなどでCNV解析ができる
3
依頼できるのはiPS細胞の研究機関に限られる
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記載なし | 精製したDNAを送る | SNPアレイ | ゲノム全体 | コピー数の増減 | 相対推定(比べて推定する) | 精製したDNA | 記載なし |
ランキングの決め方:受注数・見積依頼数・価格(参考合計)・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です(実績がまだない項目は0点)。 広告(PR)の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく