ChIP-seq・CUT&Tag・CUT&RUN 受託サービス比較
ゲノムのどこにそのタンパク質がいるか、どこにヒストン修飾があるかを調べるサービスです。
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ChIP-seq・CUT&Tag・CUT&RUN（クロマチン上の結合部位・修飾部位の解析）
3つの手法は目的が同じなので1つにまとめています。ChIP-seqは古くからの標準で、架橋して壊し抗体で引っ張る方法です。必要な細胞数は多いものの、転写因子からヒストン修飾まで対象が広く取れます。CUT&RUNは細胞を壊さず、抗体のところにヌクレアーゼを連れていって切る方法で、少ない細胞数で済みバックグラウンドが低くなります。CUT&Tagは同じ考え方で、切るかわりにトランスポゼースでタグを付けるので、ライブラリー調製まで一度に進み、シーケンス深度も浅くて済みます。つぎに見るのはどこから引き受けてもらうかで、細胞・組織から全部任せるのか、免疫沈降は自分でやってChIP後のDNAから頼むのか、既にあるFASTQの解析だけ頼むのかで相手が変わります。3つめは抗体で、ChIP系がうまくいくかはほぼ抗体で決まるため、検証済みの抗体を持っているか、新しい標的の抗体を探して検証してくれるかで差が出ます。4つめは対照とスパイクインで、群間で増えた減ったを言うなら標準化の有無が効きます。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
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「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です
（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。
料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。
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（もう一度押すと逆の順）。
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表は左右にスクロールして詳細を比較できます。
| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（2検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 対応する手法 | 引き受ける工程 | 標的のタイプ | 含まれる解析 | 納期 | 日本語での相談 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Active Motif
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
ヒストン修飾・転写因子・Pol IIまで扱う
2
抗体がChIPに使えることを先に確かめる
3
スパイクインによる標準化も選べる
|
記載なし | 細胞・組織を送る（免疫沈降から任せる） | ChIP-seq | クロマチン調製・免疫沈降・ライブラリー調製・シーケンス・データ解析 | ヒストン修飾・転写因子・RNA Pol II | ピークコール | 記載なし | 国内に窓口がある | |
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Active Motif
|
— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
少ない開始材料で済む
2
必要なシーケンス深度も浅い
3
ヒストン修飾のゲノムワイドな地図を作る
|
記載なし | 細胞・組織を送る（免疫沈降から任せる） | CUT&Tag | クロマチン調製・免疫沈降・ライブラリー調製・シーケンス・データ解析 | ヒストン修飾 | ピークコール | 記載なし | 国内に窓口がある | |
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Active Motif
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
細胞を壊さずヌクレアーゼで切る
2
ChIPより少ない細胞数で済む
|
記載なし | 細胞・組織を送る（免疫沈降から任せる） | CUT&RUN | クロマチン調製・免疫沈降・ライブラリー調製・シーケンス・データ解析 | 記載なし | ピークコール | 記載なし | 国内に窓口がある | |
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Active Motif
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
最大96検体をまとめて処理できる
2
1検体あたり30万〜100万細胞
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記載なし | 細胞・組織を送る（免疫沈降から任せる） | ChIP-seq | クロマチン調製・免疫沈降・ライブラリー調製・シーケンス・データ解析 | 記載なし | ピークコール | 記載なし | 国内に窓口がある | |
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DNAチップ研究所
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
免疫沈降は依頼者側で行う
2
100 ng以上・200〜800 bpを送付
3
ピーク検出とサンプル間比較まで含む
|
記載なし | ChIP後のDNAを送る | ChIP-seq | シーケンス・データ解析 | ヒストン修飾・転写因子 | ピークコール・群間の比較 | 2〜2.5か月（検体のQC通過後おおむね2か月。データ解析まで含めると2.5か月程度） | 国内に窓口がある | |
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ジエンブル
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
ChIP後のDNAは10 ng以上から受ける
2
FASTQを送れば解析だけでも頼める
3
結合モチーフや近傍遺伝子まで出す
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記載なし | ChIP後のDNAを送る | ChIP-seq | シーケンス・データ解析 | ヒストン修飾・転写因子 | ピークコール・結合モチーフ解析・近傍遺伝子・アノテーション | 6営業日（データ解析のみの場合は6営業日から） | 国内に窓口がある |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
