DNAチップ研究所： ChIP-seq（ChIP後のDNAを送る・国内）

ゲノムのどこにそのタンパク質がいるか、どこにヒストン修飾があるかを調べるサービスです。3つの手法は目的が同じなので1つにまとめています。ChIP-seqは古くからの標準で、架橋して壊し抗体で引っ張る方法です。必要な細胞数は多いものの、転写因子からヒストン修飾まで対象が広く取れます。CUT&RUNは細胞を壊さず、抗体のところにヌクレアーゼを連れていって切る方法で、少ない細胞数で済みバックグラウンドが低くなります。CUT&Tagは同じ考え方で、切るかわりにトランスポゼースでタグを付けるので、ライブラリー調製まで一度に進み、シーケンス深度も浅くて済みます。つぎに見るのはどこから引き受けてもらうかで、細胞・組織から全部任せるのか、免疫沈降は自分でやってChIP後のDNAから頼むのか、既にあるFASTQの解析だけ頼むのかで相手が変わります。3つめは抗体で、ChIP系がうまくいくかはほぼ抗体で決まるため、検証済みの抗体を持っているか、新しい標的の抗体を探して検証してくれるかで差が出ます。4つめは対照とスパイクインで、群間で増えた減ったを言うなら標準化の有無が効きます。