フィルジェン： AP-MS（アフィニティ精製＋質量分析でのインタラクトーム解析）

タンパク質どうしのくっつき方を調べる受託です。一言で呼ばれていますが、中身は3つに分かれます。既知ペアの確認・定量は、相手が分かっていてどれくらい強くくっつくかを数値で出すこと。未知の相手の探索は、ベイトになるタンパク質を決めて何がくっついてくるかを探すこと。界面・ドメインのマッピングは、どこでくっついているかを絞り込むことです。2つめは測り方で、同じ「くっつく」でも見ているものが違います。SPRとBLIは精製した分子どうしを試験管の中で見るので直接の結合だけが分かり、Co-IPとAP-MSは細胞をすりつぶした液の中で複合体ごと引っぱるので間接的につながっているものも入ります。酵母ツーハイブリッドは酵母の中で2分子が近づくかを見て、近接標識（BioID・TurboID・APEX）は生きた細胞の中で近くにあるタンパク質に目印を付けるので、弱い相互作用や一瞬だけの相互作用を捉えやすくなります。3つめはどこで測るかで、試験管の中、細胞抽出液の中、酵母の中、生きた細胞の中では、生理的なもっともらしさも拾えるものも違います。4つめは偽陽性への備えで、探索型の方法ではたまたま一緒に引っぱられてきただけのタンパク質が混ざるため、対照の置き方・フィルタリング・信頼度スコアがあるかどうかで結果の読み方が変わります。