シングルセルATAC-seq（scATAC-seq） 受託サービス比較
1細胞ずつ、ゲノムのどこが開いているかを調べるサービスです。
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シングルセルATAC-seq（1細胞・1核レベルのクロマチンアクセシビリティ解析）
まず決めるのはATAC単独でいくかマルチオームにするかです。マルチオームは同じ1つの核から開いている場所と遺伝子発現の両方を取るので、その細胞集団が何なのかを発現で決められ、細胞種のあてはめがはるかに楽になります。そのぶん費用は上がります。2つめは何を送るかで、ここがこの分類でいちばん事故が起きるところです。scATAC-seqはきれいな裸核が取れるかでほぼ決まるので、凍結組織から核を取る条件を受託側で詰めてくれるかどうかが大きな差になります。3つめはどこまで解析してくれるかです。カウントマトリックスを作るところまではどこも同じで、そのあとクラスタリング、細胞種のあてはめ、擬似時間、ほかのデータとの統合まで面倒を見てくれるかで分かれます。4つめはどこのラボで実施するかで、同じ会社でもATAC単独は海外、マルチオームは国内という分かれ方をすることがあります。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
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「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です
（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。
料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。
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（もう一度押すと逆の順）。
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登録企業は、受託解析Quick 上で見積に直接回答します（未登録の会社にも依頼できます）。
表は左右にスクロールして詳細を比較できます。
| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（2検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 測定モード | プラットフォーム | 受け付ける試料 | 一次解析のパイプライン | 二次解析 | 実験するラボ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Rhelixa
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
裸核の条件を詰めるところから引き受ける
2
凍結組織・凍結細胞を預かる
3
プランは3段で解析だけでも頼める
|
記載なし | 細胞・組織を送る | scATAC単独（開いている場所だけ） | 10x Genomics | 凍結組織・凍結細胞 | Cell Ranger ARC | クラスタリング・UMAP・ほかのデータとの統合・論文用の図版 | 国内 | |
|
Rhelixa
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
同じ1つの核から両方を取る
2
細胞種のあてはめや擬似時間も選べる
3
RNA Velocityまでオプション
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記載なし | 細胞・組織を送る | マルチオーム（ATAC＋遺伝子発現） | 10x Genomics | 記載なし | Cell Ranger ARC | クラスタリング・UMAP・細胞種のあてはめ・擬似時間・軌跡・ほかのデータとの統合・論文用の図版 | 国内 | |
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GENEWIZ（アゼンタ）
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
磁気ビーズで死細胞を除いてから載せる
2
生細胞1万個程度の細胞ペレットから
3
実験は米国ラボ
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記載なし | 細胞・組織を送る | scATAC単独（開いている場所だけ） | 10x Genomics Chromium（シーケンスはIllumina NovaSeq） | 凍結組織・生細胞・細胞ペレット | Cell Ranger（標準プラン）。上位プランはSeuratによる解析 | クラスタリング・UMAP・細胞種のあてはめ・擬似時間・軌跡 | 海外 | |
|
GENEWIZ（アゼンタ）
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
同じ核から開いている場所と発現を取る
2
米国ラボ実施の注記はATAC単独のほうだけ
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記載なし | 細胞・組織を送る | マルチオーム（ATAC＋遺伝子発現） | 10x Genomics | 記載なし | Cell Ranger（標準プラン）。上位プランはSeuratによる解析 | クラスタリング・UMAP・細胞種のあてはめ | 国内 | |
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Active Motif
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— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
10xのプラットフォーム用に調製した細胞から
2
細胞集団の切り分けまで見てくれる
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記載なし | 細胞・組織を送る | scATAC単独（開いている場所だけ）・マルチオーム（ATAC＋遺伝子発現） | 10x Genomics | 生細胞・細胞ペレット | 記載なし | クラスタリング・UMAP | 海外 |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
