CAGE-seq（転写開始点・プロモーター解析） 受託サービス比較
RNAの5'末端だけを読んで、どこから転写が始まったか（転写開始点、TSS）を1塩基の精度で決める解析です。
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CAGE-seq（転写開始点（TSS）とプロモーター活性のゲノムワイド解析）
通常のRNA-seqが転写物の全体を読むのに対し、CAGEは5'末端に絞るため、プロモーターの活性をゲノム全体で定量でき、転写物の長さによる偏りも乗りません。エンハンサーRNAの同定や転写因子結合モチーフの探索にも使えます。国内で受託しているのは1社だけなので、比べるのは会社どうしではなく2つの方式になります。CAGEはキャップ構造をビオチン化して釣り上げる方法で、ライブラリー作製からPCRの増幅工程を完全に外しているため量をそのまま比べられますが、total RNAが3 µg要ります。nanoCAGEはプライマーの工夫と特異的な増幅でナノグラム単位から作れますが、PCRの工程が入るぶん増幅の偏りが乗ります。手元のRNA量と、定量の正確さをどこまで求めるかで選ぶことになります。
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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。
税区分は各社の表記によります。
「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です
（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。
料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。
表の見出しの文字を押すと、その列で並べ替えられます
（もう一度押すと逆の順）。
記載なしは、いつも最後に並びます。
登録企業は、受託解析Quick 上で見積に直接回答します（未登録の会社にも依頼できます）。
表は左右にスクロールして詳細を比較できます。
| 見積 | 会社・サービス | ランキング ▼ | 参考合計（4検体） | 基本料金（単価） | 製品の特徴 | 最低検体数 | 起点 | 方式 | PCRの増幅工程 | 調べられること | 必要なRNA量 | 納期 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
ダナフォーム
|
1
|
¥360,000〜 税区分：一部記載なし | ¥90,000〜¥110,000/検体 |
1
PCRの増幅工程を完全に外している
2
増幅の偏りが乗らず量をそのまま比べられる
3
5'末端のキャップをビオチン化して釣り上げる
|
記載なし | 精製したtotal RNAを送る | CAGE（Cap-trap） | なし（増幅の偏りが乗らない） | 転写開始点（TSS）の同定・プロモーター活性の定量・エンハンサーRNAの同定・転写因子結合モチーフの探索・発現変動・GO解析 | total RNA 3 µg以上 | 1〜2か月（通常1〜2か月。年度の後半（10月〜3月）は依頼が集中するため1〜2週間余計にかかることがある） | |
|
ダナフォーム
|
— | 要見積（基本料金が非公開） | 要見積 |
1
total RNA 100 ngから頼める
2
ナノグラム単位のRNAから転写開始点を決める
3
PCRの工程が入るぶん増幅の偏りが乗る
|
記載なし | 精製したtotal RNAを送る | nanoCAGE（微量RNA向け） | あり（微量から作れる） | 転写開始点（TSS）の同定 | total RNA 100 ng以上 | 記載なし |
ランキングの決め方：受注数・見積依頼数・価格（参考合計）・見積返信の速さ・ユーザー評価から計算しています。 受注数・見積依頼数・返信の速さ・評価は、受託解析Quick 上での直近12か月の実績です（実績がまだない項目は0点）。 広告（PR）の出稿や手数料の額では変わりません。 くわしく
