フナコシ： ユビキチン化プロテオミクス（修飾特異的抗体での濃縮）

タンパク質のユビキチン化を調べる受託です。いちばん大事なのは解析のしかたで、この2つは別のことをしています。質量分析で部位を同定する方式は、トリプシンで切ったあとに残るK-ε-GG（diGly）という目印を抗体で濃縮してLC-MS/MSで読むので、どのタンパク質のどのリジンが修飾されたかまで分かります。そのかわり必要なタンパク質量が多く、10 mgを超えることもあります。抗体アレイで見る方式は、あらかじめ決めたタンパク質について発現量とユビキチン化の状態をまとめて比べます。少ない試料で群間比較ができますが、パネルにないタンパク質は見えず、部位も分かりません。3つめはNEDD8やISG15の扱いです。K-ε-GGの目印はユビキチンだけでなくユビキチン様修飾でも残るので、K-GGが検出されても必ずユビキチン由来とはかぎりません。この点を明記している会社、分けるための対照やフィルタを用意している会社、何も触れていない会社があります。4つめは鎖のタイプ（K48・K63・K11など）まで見られるかで、同じユビキチン化でもつながり方で意味がまったく違います。