早稲田大学 CESOAR： PhenoCycler 空間的シングルセルプロテオーム解析

組織の形を保ったまま、どこにどのタンパク質があるかを測る解析です。いちばん大事なのは解析タイプで、同じ名前でも中身が違います。1細胞多重イメージングは、組織の上で1細胞ずつ何十種類ものタンパク質を見るので、どの細胞が何を出しているかまで分かります。ROI選択型は、HE像を見ながら領域を選んでその領域ぶんをまとめて定量するので、病理の見立てをそのまま持ち込めますが、1細胞の分解能はありません。この2つはどちらが優れているかではなく、別のことをしているので、マーカー数だけを並べて比べないでください。つぎに標識のしかたです。金属標識抗体は自家蛍光や色の重なりがなく同時に読める数が多く、DNAバーコード抗体は蛍光をサイクルごとに付け外しして色数を稼ぎ、オリゴ標識抗体とUV切り出しは選んだ領域からバーコードを回収して数えます。3つめは検体と受託範囲で、FFPEだけか凍結も受けるか、ブロックからの切片作製を頼めるか、抗体の標識加工まで頼めるかで手間がまるで変わります。4つめは下流の解析をどこまでやってもらえるかで、画像を受け取っただけでは細胞ごとの定量にも細胞型の判定にもなりません。RNAを測りたい場合は、空間トランスクリプトーム解析のほうを見てください。