ダナフォーム： nanoCAGE（微量RNA向け・PCRあり）

RNAの5'末端だけを読んで、どこから転写が始まったか（転写開始点、TSS）を1塩基の精度で決める解析です。通常のRNA-seqが転写物の全体を読むのに対し、CAGEは5'末端に絞るため、プロモーターの活性をゲノム全体で定量でき、転写物の長さによる偏りも乗りません。エンハンサーRNAの同定や転写因子結合モチーフの探索にも使えます。国内で受託しているのは1社だけなので、比べるのは会社どうしではなく2つの方式になります。CAGEはキャップ構造をビオチン化して釣り上げる方法で、ライブラリー作製からPCRの増幅工程を完全に外しているため量をそのまま比べられますが、total RNAが3 µg要ります。nanoCAGEはプライマーの工夫と特異的な増幅でナノグラム単位から作れますが、PCRの工程が入るぶん増幅の偏りが乗ります。手元のRNA量と、定量の正確さをどこまで求めるかで選ぶことになります。