フナコシ： 全ゲノム・RRBSのメチル化解析（スパイクイン対照つき）

DNAのどこがメチル化されているかを次世代シーケンサーで調べるサービスです。最初に決めるのはゲノムのどこまで見るかで、ここで費用が一桁変わります。WGBSはゲノム全体を見るのでCpGをほぼ取りこぼしませんが、1検体あたり90〜150 Gbほど必要です。RRBSは制限酵素でCpGの多い領域だけを濃縮してから読むので9 Gbほどで済みますが、見ているのはCpGアイランドまわりに偏ります。ターゲットはあらかじめ決めた領域だけをキャプチャするもので、ヒトやマウスの既製パネルがあります。2つめは変換のしかたです。バイサルファイト処理は古くからの標準ですが、DNAが傷みやすく投入量が要ります。酵素による変換は薬品で焼かないぶんDNAが壊れにくく、少ない量や質の落ちた試料で有利とされます。3つめはどこまで解析してくれるかで、メチル化率を出すところまでか、群間で差のあるCpGや領域を見つけて近くの遺伝子のGO解析まで見てくれるのかが分かれます。DMR解析は最低でも2検体ないとできません。