bitBiome： ロングアンプリコン解析 真菌ITS全長

カビや酵母などの真菌がもつITS領域を増やして読み、試料の中にどんな真菌が、どのくらいの割合でいるか（真菌叢・マイコバイオーム）を調べる解析です。細菌の16S rRNAにあたるものが、真菌ではこのITSになります。価格より先に見たいのは、どこまで読むかです。ITSは ITS1 – 5.8S – ITS2 という並びで、ふつうは前半のITS1だけを短いリードで読みます。これが標準でいちばん安い方法です。全長を通して読めば種まで絞れることが増えますが、PacBioなどの長鎖シーケンサーが必要で、1検体あたりの値段は上がります。つぎにDNA抽出が料金に含まれるかどうかです。真菌は細胞壁が硬いので、菌類向けの抽出でないと収量が落ちます。「DNAを送ってください」のサービスは、ここを自分で済ませておく必要があります。3つめはリード数で、真菌叢は細菌叢より種数が少ないぶん3万リードでおおよそ足りますが、土壌のように種数が多い試料では足りないことがあります。