イムノジェネテクス： シングルセルTCRレパトア解析

T細胞受容体（TCR）の配列を読んで、どのクローンがどれだけいるかを調べる解析です。いちばん大事な分かれ目はバルクかシングルセルかで、得られるものも値段も一桁違います。バルクはたくさんのT細胞をまとめて読み、クローンの頻度や多様性を出します。安くて検体数を稼げるかわりに、α鎖とβ鎖がどう組になっていたかは分かりません。シングルセルは1細胞ずつ読むので同じ細胞のαβの組が取れ、遺伝子発現や表面タンパク質とも紐づけられますが、高くて細胞数に上限があります。増えているクローンを追いたいだけならバルク、そのクローンのTCRを再構築して使いたいならシングルセルです。つぎに入力がRNAかゲノムDNAかで、ゲノムDNAは1細胞に1コピーなのでクローン数をそのまま数えやすく、RNAは発現量に引きずられるかわりに全長配列や発現情報まで取れます。γδT細胞を見たいのにαβしか受けていない、ということもあるので、対応する鎖も確かめてください。