理研ジェネシス： Visium 空間トランスクリプトーム解析

組織の形を保ったまま、どこでどの遺伝子が出ているかを測る解析です。いちばん大事なのは解析タイプで、同じ名前でも中身がまったく違います。全トランスクリプトーム捕捉型は、組織の上の位置バーコードにRNAを捕まえてNGSで読むので、どの遺伝子が動いているか分からない探索に向きます。そのかわり1点が1細胞とはかぎらず、まわりの細胞のRNAが混ざります。ターゲットin situ型は、決めた遺伝子だけを組織の上で1分子ずつ見るので、どの細胞が出しているかまで分かりますが、パネルにない遺伝子は見えません。ROI選択型は、HE像や蛍光像で領域を選んでその領域ぶんをまとめて定量するので、病理の見立てをそのまま持ち込めます。核バーコード型は、組織の上で細胞核に位置バーコードを付けてから核を取り出し、シングルセルとして読むので、セグメンテーションが要らず、核1つごとに分かれます。そのかわり、核の外にあるRNAは見ていません。つぎに検体です。FFPEが使えるか新鮮凍結が要るかで、手元の検体から選べるサービスが決まります。切片作製やHE染色から頼めるか、シーケンスが含まれるかも会社ごとに違うので、受託範囲も見てください。解像度の数字は意味が揃っていないので、2 µmのビンと1分子を30 nmで出す検出精度を数字だけで比べないようにしてください。