KOTAIバイオテクノロジーズ： Visium HD WT／3′ 空間的遺伝子発現解析
KOTAIバイオテクノロジーズが提供するサービスです。
ご注文の前に「掲載情報」「料金詳細」「発注条件」などを確認のうえ、
内容に応じて見積依頼をしてください。
このサービスについて
受け入れの条件がいちばん細かく公開されている受託。WTはFFPE 5 µm、新鮮凍結10 µm、固定凍結10 µmに対応し、RNAの受入基準をDV200>30%、1細胞あたりのRNA量0.75 pg以上と数字で出している。やってみて駄目でした、が起きにくい。3′のほうは新鮮凍結10 µmでRIN値7以上だが、そのかわりPoly(A)を持つ生物種なら何でも使えるので、ヒト・マウス以外を扱う研究室はこちらになる。遺伝子数はWTがプローブでヒト18,000・マウス20,000、3′が全トランスクリプトーム。解像度は2×2 µm、解析領域は6.5×6.5 mmまたは11×11 mm。切片作製からHE染色、画像評価、細胞数とRNA量の算出までオプションで委託できる。
参考合計 （1切片）
公開されている料金をもとに計算した参考金額です。
登録されている料金（すべて）
基本料金・オプション・適用条件などの一覧です。
| 区分 | 内容 | 金額 | 解析する切片の数の条件 | 税 | 種類・期間 | 出典 | メモ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 基本料金 （必須） | Visium HD 空間的遺伝子発現解析（1切片） | 要見積 | — | 記載なし | 通常 | Visium HD WT／3′ 空間的遺伝子発現解析（KOTAIバイオテクノロジーズ） （公式） | ページに価格の記載なし |
仕様
掲載されている解析条件・サービス仕様です。
組織の形を保ったまま、どこでどの遺伝子が出ているかを測る解析です。いちばん大事なのは解析タイプで、同じ名前でも中身がまったく違います。全トランスクリプトーム捕捉型は、組織の上の位置バーコードにRNAを捕まえてNGSで読むので、どの遺伝子が動いているか分からない探索に向きます。そのかわり1点が1細胞とはかぎらず、まわりの細胞のRNAが混ざります。ターゲットin situ型は、決めた遺伝子だけを組織の上で1分子ずつ見るので、どの細胞が出しているかまで分かりますが、パネルにない遺伝子は見えません。ROI選択型は、HE像や蛍光像で領域を選んでその領域ぶんをまとめて定量するので、病理の見立てをそのまま持ち込めます。核バーコード型は、組織の上で細胞核に位置バーコードを付けてから核を取り出し、シングルセルとして読むので、セグメンテーションが要らず、核1つごとに分かれます。そのかわり、核の外にあるRNAは見ていません。つぎに検体です。FFPEが使えるか新鮮凍結が要るかで、手元の検体から選べるサービスが決まります。切片作製やHE染色から頼めるか、シーケンスが含まれるかも会社ごとに違うので、受託範囲も見てください。解像度の数字は意味が揃っていないので、2 µmのビンと1分子を30 nmで出す検出精度を数字だけで比べないようにしてください。
| 基本料金の起点 | 切片スライドを送る 基本料金に含まれる最初の工程 |
|---|---|
| 解析のしかた | |
| 解析タイプ 探索なら全トランスクリプトーム捕捉型、どの細胞かまで見るならターゲットin situ型、病理の領域で比べるならROI選択型、核ごとに分けて全遺伝子を見るなら核バーコード型です | 全トランスクリプトーム捕捉型 |
| プラットフォーム | Visium HD |
| 測り方 | 位置バーコードで捕まえてNGSで読む |
| 空間解像度 「2 µmのビン」と「1分子を30 nmで出す検出精度」は別のものです。数字だけで比べないでください | 2 µm × 2 µmの正方形 |
| 測れる遺伝子の数 | WTはプローブでヒト18,000遺伝子・マウス20,000遺伝子、3′は全トランスクリプトーム |
| タンパク質の同時測定 | RNAのみ |
| 解析できる面積 | 6.5×6.5 mm または 11×11 mm（3′は6.5×6.5 mm） |
| 使える検体 | |
| 対応する検体 | FFPE・新鮮凍結・固定凍結 |
| 切片・スライドの条件 | WT：FFPE 5 µm、新鮮凍結 10 µm、固定凍結 10 µm。 3′：新鮮凍結 10 µm。 いずれも10x Genomics社の確認済みスライドを使う。 |
| 受け入れのRNA品質 | WTはDV200>30%かつ1細胞あたりのRNA量0.75 pg以上、3′はRIN値7以上 |
| 対象の生物種 | WTはヒトとマウス、3′はPoly(A) tailを持つ生物種 |
| 切片作製の受託 | オプションで頼める |
| 受託範囲と納品 | |
| 頼める工程 | 切片作製・HE染色・画像取得・ライブラリー調製・シーケンス・一次解析・二次解析（クラスタリング・DEGなど） |
| 一次解析のソフト | Space Ranger、Loupe Browser |
| 納品されるもの | シーケンスの生データ（FASTQ）・解析済みデータ・ブラウザ用ファイル（cloupeなど） |
| 納期 | 記載なし |
| 実施する場所 | 国内 |
| 受注の条件・補足 | シーケンス量はWTが2.75億ペアリード／解析領域、3′が5.5億ペアリード／解析領域。 1ランあたり2スライド。 切片作製、HE染色、画像評価、細胞数とRNA量の算出までオプションで委託できる。 二次解析（クラスタリング、DEG、GO、細胞間コミュニケーションなど）は別のサービス。 |
| 料金の補足 | ページに価格・納期の記載はない（問い合わせ→Web面談→見積の流れ） |
出典
料金・仕様の根拠となる公開情報です。
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確認日 2026-10-03
検体条件・RNA品質・解像度・遺伝子数・納品物の出典
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確認日 2026-10-03
受託メニュー一覧と受託の流れの確認
