プロテオーム解析（網羅・定量）受託サービス比較

混合した試料を丸ごと質量分析にかけ、数千から1万種類のタンパク質を一度に同定し、群と群で量を比べるサービスです。

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プロテオーム解析（網羅的な同定と定量・DIA／DDA／TMT／iTRAQ／SILAC）

1本のバンドが何かを調べる「タンパク質同定」とは別物です。非標識のDIAは欠損値が少なく比較定量に向き、DDAは同定が中心です。標識（TMT・iTRAQ・SILAC）は検体に印をつけてまとめて測るので、検体間のばらつきが出にくい代わりに、必要な量が増え、一度に測れる数に上限があります。同定タンパク質数は各社が示す代表例・目安であり、試料や条件で変わる保証値ではありません。

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各社の公開情報から計算した参考価格です。正式な金額は各社の見積で確認してください。

税区分は各社の表記によります。「起点」は基本料金に含まれる最初の工程です（起点が違うと、同じ金額でも含まれる作業が違います）。料金を公開していない会社も「要見積」として並べています。表の見出しの文字を押すと、その列で並べ替えられます（もう一度押すと逆の順）。記載なしは、いつも最後に並びます。

登録企業は、受託解析Quick 上で見積に直接回答します（未登録の会社にも依頼できます）。

表は左右にスクロールして詳細を比較できます。

会社・サービス	ランキング ▼	参考合計（3検体）	基本料金（単価）	製品の特徴	最低検体数	起点	方式	一度にまとめて測れる検体数	対応する検体	必要サンプル量	同定数の目安（上限）	納期
ユーロフィンジェノミクスディープDIAプロテオーム解析（細胞・組織）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	1	¥188,100 税抜	5検体まで：¥62,700/検体	1 Orbitrap Exploris 480で最大〜9,000 2 タンパク質10 µg以上 3 解析はかずさDNA研究所	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	培養細胞・組織	タンパク質10 µg以上	9,000 タンパク質	20営業日
ユーロフィンジェノミクス血清・血漿からのDIAプロテオーム解析（TomAP-MS）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	2	¥218,700〜税抜	5検体まで：¥72,900〜¥154,400/検体	1 血清100 µL・血漿50 µLから 2 それ以下でも対応できる 3 ディープとウルトラディープの2段	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	血清・血漿	血清100 µL、血漿50 µL（それ以下でも対応可能）	8,000 タンパク質	20営業日
ユーロフィンジェノミクス培養上清からのDIAプロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	3	¥223,200〜税抜	5検体まで：¥74,400〜¥173,400/検体	1 培養上清からDIAで網羅的に解析 2 無タンパク質培地は2 mL以上 3 FBS含有は300 µL以上で20営業日	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	培養上清	無タンパク質培地の培養上清2 mL以上／FBS含有培養上清300 µL以上	記載なし	20営業日
ユーロフィンジェノミクス FFPE組織からのDIAプロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	4	¥275,700〜税抜	5検体まで：¥91,900〜¥173,400/検体	1 ホルマリン固定パラフィン包埋組織から解析 2 固定48時間以下・厚さ10〜20 µm 3 25営業日	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	FFPE組織	厚さ10〜20 µm、表面50 mm²以上	11,000 タンパク質	25営業日
コスモ・バイオエクソソームの次世代プロテオミクス解析（ハカレル・MS-2）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	5	¥294,000 税区分：一部記載なし	5検体まで：¥98,000/検体 6〜15検体：¥92,000/検体 16検体以上：¥90,000/検体	1 timsTOF-HTのDIAで〜8,000種類を同定 2 エクソソームペレットなら総量5 µg以上 3 納期4週間でエクソソーム調製からも	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	エクソソーム・細胞外小胞・培養上清・血清・血漿	エクソソームペレットを送る場合は、PBSまたは純水で懸濁しタンパク総量5 µg以上	8,000 タンパク質	4週
ONSSI ショットガン解析（アカデミア）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	6	¥300,000 税抜	¥100,000/検体	1 LTQ Orbitrap XLによるショットガン解析 2 タンパク質10 µg以上 3 同定はSwiss-Prot登録のものに限る	記載なし	抽出・精製済みのタンパク質から	DDA（ショットガン）	記載なし	記載なし	タンパク質10 µg以上	記載なし	記載なし
ユーロフィンジェノミクスウルトラディープDIAプロテオーム解析（細胞・組織）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	7	¥432,600 税抜	5検体まで：¥144,200/検体	1 Orbitrap AstralのDIAで最大〜12,000 2 タンパク質10 µg以上 3 20営業日	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	培養細胞・組織	タンパク質10 µg以上	12,000 タンパク質	20営業日
ONSSI ショットガン解析（一般）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	8	¥450,000 税抜	¥150,000/検体	1 一般の依頼者向け	記載なし	抽出・精製済みのタンパク質から	DDA（ショットガン）	記載なし	記載なし	タンパク質10 µg以上	記載なし	記載なし
フィルジェン 4D-DIA 定量プロテオーム解析（標準深度）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	9	¥474,000 税抜	¥158,000/検体	1 timsTOFでイオンモビリティ併用の4D-DIA 2 6,000〜8,000タンパク質を同定・相対定量 3 海外輸送費は別途	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	4D-DIA（イオンモビリティ併用）	記載なし	抽出・精製タンパク質・培養細胞・組織・血清・血漿・尿・微生物	抽出／精製タンパク質 >100 µg（1 µg/µL）	8,000 タンパク質	記載なし
ファーマフーズ・アプロサイエンス DIAプロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	10	¥480,000 税抜	¥160,000/検体	1 DIAで〜8,000程度を同定し比較定量 2 抽出・QC・酵素消化まで含む 3 タンパク質10 µg程度で約1.5か月	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	組織・培養細胞・培養上清・抽出・精製タンパク質	タンパク質10 µg程度	8,000 タンパク質	1.5か月
ファーマフーズ・アプロサイエンス LC-MS/MSによるショットガン解析（DDA）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	10	¥480,000 税抜	¥160,000/検体	1 DDAで数100〜2,000程度を同定 2 抽出・QC・酵素消化まで含む 3 微量を深く見る用途には不向きと明記	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DDA（ショットガン）	記載なし	組織・培養細胞・血清・血漿・培養上清・抽出・精製タンパク質	タンパク質10 µg以上	2,000 タンパク質	1.5〜2か月
フィルジェン 4D-DIA 定量プロテオーム解析（高深度）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	12	¥570,000 税抜	¥190,000/検体	1 8,000〜10,000タンパク質を同定 2 4D-DIAの高深度メニュー 3 海外輸送費は別途	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	4D-DIA（イオンモビリティ併用）	記載なし	抽出・精製タンパク質・培養細胞・組織・血清・血漿・尿・微生物	抽出／精製タンパク質 >100 µg（1 µg/µL）	10,000 タンパク質	記載なし
フィルジェン TMTプロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	13	¥660,000 税抜	2検体以上：¥220,000/検体	1 TMT試薬で最大18-plexをまとめて測る 2 精製タンパク質は300 µg超 3 海外のCreative Proteomicsで解析	2検体から	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	TMT標識（アイソバリック）	18 検体	組織・培養細胞・血清・血漿・微生物・抽出・精製タンパク質	精製タンパク質は総タンパク質量 >300 µg（>1 µg/µL）	記載なし	記載なし
フィルジェン iTRAQプロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	13	¥660,000 税抜	2検体以上：¥220,000/検体	1 iTRAQ試薬で最大8-plexをまとめて測る 2 海外のCreative Proteomicsで解析 3 2サンプル以上から	2検体から	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	iTRAQ標識（アイソバリック）	8 検体	組織・培養細胞・血清・血漿・微生物・抽出・精製タンパク質	精製タンパク質は総タンパク質量 >300 µg（>1 µg/µL）	記載なし	記載なし
ファーマフーズ・アプロサイエンス TMT™試薬を用いた相対定量プロテオーム解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	15	¥1,110,000 税抜	2〜5検体：¥1,110,000/一式 6検体：¥1,320,000/一式 7検体：¥1,540,000/一式 8検体：¥1,760,000/一式 9検体：¥1,980,000/一式 10検体：¥2,200,000/一式 11検体：¥2,420,000/一式 12検体：¥2,640,000/一式 13〜18検体：¥2,800,000/一式	1 TMT試薬で最大18種類を同時に分析 2 標識・分画・精製まで含む 3 タンパク質50 µg以上	2検体から	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	TMT標識（アイソバリック）	18 検体	組織・培養細胞・血清・血漿・培養上清・抽出・精製タンパク質	タンパク質50 µg以上	記載なし	1.5〜2か月
九州プロサーチ（KPSL）プロテオミクス受託解析（DIA法）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	—	要見積（基本料金が非公開）	要見積	1 HEK293Fの例で約8,000種・カバー率70% 2 血漿／血清やFFPE組織にも対応 3 ゲル中タンパク質や培養上清も受ける	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DIA（データ非依存取得）	記載なし	培養細胞・組織・血清・血漿・FFPE組織・培養上清	記載なし	記載なし	記載なし
メディカル・プロテオスコープ非標識（ラベルフリー）プロテオミクス公式サイト情報確認日： 2026-10-01	—	要見積（基本料金が非公開）	要見積	1 一度に3,000種類を超えて同定・計量 2 網羅解析はタンパク質10 µgを基準 3 分画や長いカラムで同定数を増やせる	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DDA（ショットガン）	記載なし	培養上清・血清・血漿・組織・抽出・精製タンパク質	網羅的な分析ではタンパク質10 µgを基準（バックアップを含む）	3,000 タンパク質	記載なし
プロテオバイオロジクスショットガンプロテオミクス公式サイト情報確認日： 2026-10-01	—	要見積（基本料金が非公開）	要見積	1 タンパク質5,000種類以上を同時に同定 2 Orbitrap Astral／Astral Zoomを導入 3 データベース登録があればどの生物種でも	記載なし	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	DDA（ショットガン）	記載なし	血清・血漿・組織・培養細胞・培養上清・エクソソーム・細胞外小胞	記載なし	5,000 タンパク質	記載なし
フィルジェンラベルフリー定量プロテオーム解析（DDA）公式サイト情報確認日： 2026-10-01	—	要見積（基本料金が非公開）	要見積	1 標識せずにDDAで測る 2 推奨150 µg超で50 µg超から 3 3サンプル以上から	3検体から	抽出・精製済みのタンパク質から	DDA（ショットガン）	記載なし	抽出・精製タンパク質・組織・培養細胞・血清・血漿	推奨 >150 µg、最低 >50 µg（濃度 >1 µg/µL）	記載なし	記載なし
ファーマフーズ・アプロサイエンス SILAC試薬を用いた比較定量解析公式サイト情報確認日： 2026-10-01	—	対象外（2検体まで）	2検体：¥1,100,000/一式	1 培養中の細胞にアミノ酸を取り込ませる 2 2検体を比べる 3 200 µg以上で数百から数千タンパク質	2検体から	細胞・組織などの試料から（抽出・消化を含む）	SILAC標識（培養時に取り込ませる）	2 検体	培養細胞・抽出・精製タンパク質	200 µg以上	記載なし	1.5〜2か月

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